L'origine des collections est liée à la création de la Société archéologique de Namur en 1845. Le Musée présente des collections du Moyen âge et de la Renaissance, issues de la région namuroise, notamment de nombreuses sculptures sur pierre et sur bois, des peintures de Henri Bles, artiste mosan du second tiers du XVIe siècle, mais aussi des oeuvres illustrant les arts du métal (orfèvrerie XIIe et XIIIe siècles, dinanderie, ferronnerie), le vitrail et la verrerie, la broderie.